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北航生物工程系是在我国载人航天事业蓬勃发展的背景下，于2001年年底成立的，是以培养本科和研究生层次的创新性人才为根本，以教学、
科研为中心的研究型院系。通过教学与科研密切结合，培养宽口径、研究型、具有创新精神和实践能力的交叉学科精英潜质的人才。
经过”211”、“985”学科建设，我系目前已在生物力学、空间生物技术、空间生态生保、人体行为工程与康复工程、组织工程、生物医学仪器和信息等领域都有了迅速的发展。现有生物工程本科专业和生物医学工程硕、博士点，我校是科工委所属院校中唯一拥有生物医学工程一级学科博士点的单位，拥有生物工程国防科工委重点学科，生物医学工程博士后流动站、北京市重点交叉学科。
我系拥有一支朝气蓬勃的师资队伍，专业、年龄和学历结构合理。目前在编教职工29人，其中教授8人，博士生导师（包括兼职）10人，副教授12人。教师中90%具有博士学位，大多数具有国外留学经历。
目前我系已经及正在建设的研究与实验技术平台及实验室包括：细胞及组织工程实验室、人类行为与康复工程实验室、生物力学实验室、空间生命科学实验室、生物医学信息与图像实验室等，拥有价值近千万的仪器设备，已列入计划的在建实验室项目经费1000万元。近三年获准国家自然科学基金项目15项（其中重点课题一项，基础仪器专项一项，杰出青年基金B类一项），科技部项目（863和科技支撑计划项目）2项，
教育部项目4项，国防工委项目3项，北京市项目3项，各类在研项目总经费达2000余万元。
我系与国内外有着广泛的学术交流、科研合作以及高层次人才联合培养。除了每年与来自美国、英国、日本、加拿大、俄罗斯、香港等国家和地区的专家学者开展的学术交流及科研合作，还与英国伦敦大学玛丽女皇学院签定有本科生交换协议，与美国哥伦比亚大学签定了研究生交换协议。
该系还与企业联合设置奖学金以鼓励优秀学生，。
本科课程主要包括工科高等数学、线性代数、概率统计、工科大学物理、大学化学、数理方程、生物力学、解剖生理学、细胞生物学、生物化学、微生物学、连续介质力学、生物技术、生物医学信号处理、生物医学图像处理、生物医学仪器、人体功效学等，涉及工程、生物及医学等学科。学生毕业后，可到生物医学工程院校、医院、科研和产业机构及相关部门从事研究、开发和管理工作。优秀生在专业方向上可以继续深造，免试进行本硕、本博士连读。
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